Черная ножка представляет опасность, прежде всего для проростков семян, а также для молодой рассады большинства культур. Особенной опасности подвергаются овощи в парниках и рассадниках. Корневая шейка, а также основание стебля размягчаются, становятся черными, их стебелек утончается и образует специфичную перетяжку. В итоге все молодые растения погибают.